화성FC 엠블럼은 화성시와 구단을 상징하는 주황색 컬러를 사용해 구단의 역사와 정체성을 반영했으며, 화성시(HWASEONG CITY)의 영문 이니셜 'H'와' 'S'를 중앙에 배치, 양쪽에 위치한 기둥을 통해 화성시의 행정구역을 표현했습니다.
중앙 하단에는 시목인 '소나무(궁평리 소나무)'의 숲길과 솔방울을 형상화했으며, V자 형태는 화성시의 서해 바다와 승리의 성취 'Victory'를 의미하며 화성시의 넓고 싶은 바다처럼 무한한 가능성을 상징합니다.
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